截图
简介
这是dna ppt模板，包括了引言，第一代测序技术，第二代测序技术，第三代测序技术，测序技术的应用与展望等内容，欢迎点击下载。
dna ppt模板是由红软PPT免费下载网推荐的一款课件PPT类型的PowerPoint.
1 引言 DNA序列测定的意义 DNA的序列测定是分子生物学研究中的一项非常重要的和关键的内容。如在基因的分离、定位、基因结构与功能的研究、基因工程中载体的组建、基因表达与调控、基因片段的合成和探针的制备、基因与疾病的关系等等，都要求对DNA一级结构的详细了解。 造福人类的HGP 2.第一代测序技术 化学降解法 基本原理：利用特异的选择性试剂，专一性的随机断裂DNA成不同长短的片段。根据试剂的选择性及片段在高分辨力的聚丙烯酰胺凝胶电泳上的区带位置，判断DNA片段末端核苷酸的种类，从而测出DNA的序列。 技术路线 将双链DNA样品变为单链 ↓ 每个单链的同一方向末端都用放射 性同位素标记，以便显示DNA条带 ↓ 分别用不同方法处理，获得只差 一个核苷酸的降解DNA群体 ↓ 电泳，读取DNA的核苷酸顺序 化学降解法刚问世时，准确性较好，也容易为普通研究人员所掌握，因此用得较多。 而且化学降解较之链终止法具有一个明显的优点，即所测序列来自原DNA分子而不是酶促合成产生的拷贝，排除了合成时造成的错误。 但化学降解法操作过程较麻烦，且用到放射性物质，逐渐被简便快速的Sanger法所代替。 双脱氧链终止法 又称为Sanger法。 原理：利用DNA聚合酶，以待测单链DNA为模板，以dNTP为底物，设立四种相互独立的测序反应体系，在每个反应体系中加入不同的双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）作为链延伸终止剂。 在测序引物引导下，通过高分辨率的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，放射自显影检测后，合成链序列，由此推知待测模板链的序列 。 双脱氧链末端终止法测序原理示意图 Sanger法因操作简便，得到广泛的应用。后来在此基础上发展出多种DNA测序技术，其中最重要的是荧光自动测序技术。 荧光自动测序技术 荧光自动测序技术基于Sanger原理，用荧光标记代替同位素标记，并用成像系统自动检测，从而大大提高了DNA测序的速度和准确性。 目前，应用最广泛的应用生物系统公司(applied biosystems ，ABI)3730系列自动测序仪即是基于毛细管电泳和荧光标记技术的DNA测序仪。 杂交测序技术 该方法不同于化学降解法和Sanger法，是利用DNA杂交原理，将一系列已知序列的单链寡核苷酸片段固定在基片上，把待测的DNA样品片段变性后与其杂交，根据杂交情况排列出样品的序列信息。 杂交测序检测速度快，采用标准化的高密度寡核苷酸芯片能够大幅度降低检测的成本，具有部分第二代测序技术的特点。但该方法误差较大，且不能重复测定。 通过几十年的逐步改进， 第1代测序仪的读长可以超过1000 bp， 原始数据的准确率可以高达99.999%， 测定每千碱基序列的成本是0.5 美元， 每天的数据通量可以达到600000 碱基。 2.第二代测序技术 尽管第一代测序技术已经帮助人们完成了从噬菌体基因组到人类基因组草图等大量的测序工作，但由于其存在成本高、速度慢等方面的不足，并不是最理想的测序方法。 随着人类基因组计划的完成，后基因组时代，即功能基因组时代已向我们走来。第一代测序方法已经不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的需求，这促使了第二代测序，又称下一代测序(next—generation sequencing)的诞生。 第二代测序技术包括：454测序技术、Solexa测序技术和SOLiD测序技术。 过程概述 2.2 Solexa测序技术 2.3 SOLiD技术 测序过程： 表1 三种二代测序技术对比 零级波导的纳米结构 小孔的尺寸低于光的波长，小孔底部形成消逝波，创造很小体积的检测空间 DNA链周围游离的荧光标记dNTP有限，非常快速进出于小孔，稳定的背景荧光信号 荧光标记dNTP被掺入到DNA合成链，其携带的特定荧光会持续一小段时间(荧光光曝) 4.3 基于荧光共振能量转移的即时DNA测序 荧光供体 DNA聚合酶 荧光受体 4种dNTP 荧光共振能量转移具体过程 优点： 游离的dNTP不发光，只有其掺入到新合成的DNA链时才会发光，极大地降低了背景荧光干扰 此方法不需要用到持续的高能量的激发光照射，因此也能够极大地减少DNA聚合酶的光损伤作用，进一步延长了测序长度。 优点： 直接测RNA序列。 既然DNA聚合酶能够即时观测，那么以RNA为模板复制DNA的逆转录酶也同样可以应用于第三代测序平台。 直接测甲基化的DNA序列。 SMRT技术也可利用甲基化碱基特有的荧光信号来识别模板DNA中的甲基化修饰，如N6·甲基腺苷、5．甲基胞嘧啶或5一羟甲基胞嘧啶 表2 各种测序技术比较 5. 基因测序的应用 未知基因组的测序 全基因组重测序 深度扩增子测序 转录组测序 关联突变的检测 病毒抗药性和传染病源快速检测 疾病相关区域、目标区域测定 环境基因组学和微生物多样性 DNA甲基化模式研究 全基因组小分子RNA（miRNA)分析 染色质免疫沉淀 表观遗传学 考古学 …… 全基因组重测序 全基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此 为基础进行个体或群体水平的差异性分析。通过全基因组重测序，研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点 （SNP）、拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）、插入缺失（InDel，Insertion/Deletion）、结构变 异（Structure Variation，SV）等变异位点。这在人类疾病及动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。 全基因组重测序 全基因组重测序 全基因组重测序 转录组测序（Transcriptome sequencing） 转录组测序（Transcriptome sequencing） 新型病源体的快速鉴定 艾滋病毒抗药性 HIV sequencing 外显子&目标区域测序 外显子&目标区域测序是指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获，富集后进行高通量测序的基因组分析方法。该方法能够获得指定外显子&目标区域的遗传信息，极大的提高了基因组中外显子区域的研究效率，显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。 目标外显子组测序vs全基因组测序 目标外显子测序应用 利用NG SeqCap+GS测序检测白血病突变
展开
