数据库简介ppt

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PDB数据库简介 生物数据库的种类 生物数据库的种类 序列数据库 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白质序列数据库(Swissprot，PIR) 结构数据库 蛋白质结构数据库( PDB ) 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH ) 其它数据库 Protein Data Bank 蛋白质结构数据库  http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 一、基本概况 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库，PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics，RCSB) 负责。 1、数据 来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 信息 原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。  2、数据结构 3、数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如1LDM。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。 二、简单使用 PDB数据库文件 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 三、结构模型显示 生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等 通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑，进一步应用于研究。Js8红软基地